Customfeed::Config の title: は Subscription::Config に入れた方が良い

miyagawaさん曰く、

Subscription のほうに title: を入れるほうがよいと思います。
なつみかん@はてな - CustomFeed::Config 朝目新聞:コメント欄

だそうです。

config.asame.yaml

plugins:
 - module: Subscription::Config
   config:
     feed:
      - http://www.ne.jp/asahi/asame/shinbun/
     title: 朝目新聞

 - module: CustomFeed::Config
 - module: Filter::ResolveRelativeLink

とりあえずうちで書いた分は修正しました。確かにこの方が良いみたいです。タイトルが上書きされる問題も解決できたかもしれない。